מערת נטיפים קרסטית טבעית גדולה, מהיפות באזור השומרון, מרהיבה בעושר התופעות הקרסטיות הנמצאות בה, הנמצאת במעלה מדרון תלול של ואדי יעקוב, מיובלי נחל קנה בדרום השמורה, בגדתו המערבית. פתח המערה קשה לאיתור וזיהוי בסבך החורש הים-תיכוני במקום, בדרך כלל הוא מתגלה רק כשעומדים ממש בקרבתו, ומומלץ להגיע למערה ולסייר בה בהדרכת מדריך מורשה. הכניסה למערה היא דרך מפתח נמוך (כ-40 ס"מ) צר (כ-1 מ') וארוך (כ-7 מ') בין שני סלעים גדולים, ודורשת זחילה על הבטן לכל אורך המפתח כדי להכנס למערה.
מפתח המערה נכנסים לאולם הגדול של המערה ששטחו כ-500 מ"ר וגובהו כ-6.5 מ'. באולם זה מצויים נטיפים וזקיפים מרהיבי עין רבים, עמודים, וגושי סלע ענקיים שניתקו מתקרת המערה וצנחו אל קרקעיתה. תהליך היווצרות הנטיפים עדין פעיל כיום, דהיינו תהליך המסת סלעי הגיר והתגבשות הגיר המומס שבטיפות מים המטפטפות לסלע נטיף, תהליך הגורם ללחות גבוהה במערה ולקרקעית בוצית כמעט בכל חלקי המערה.
בעת גילוי וחקירת המערה נחשפו באולם הגדול פתחי מחילות טבעיות המסתעפות למספר כוונים, ומובילות לחדרי מערה נוספים רבים. אחת המחילות, שהיא למעשה פיר אנכי בגובה של כ-4 מ', נמשכת לעומק רב, ודרכה ניתן להגיע אל מספר חדרים המחוברים זה לזה ביניהם במעברים צרים. במערה שגובהה הכולל הוא 25 מ' יש 5 מפלסים בגבהים שונים, ואורכה הכולל הוא 90 מ'.
באולם ובחדרי המערה נמצאו עצמות 21 בני אדם שנקברו בה, אך החוקרים משערים היו מעל 100 קבורים, שעקב הלחות הגבוהה במערה, עצמותיהם התפוררו ונעלמו במשך השנים. בחלק מחדרים אלו נמצאו קירות תמך של טראסות הבנויות זו מעל זו ששימשו להנחת גלוסקמאות עליהן. בנוסף נמצאו שם כדי וקנקני חרס מרשימים, חלקם שלמים וחלקם סדוקים או שבורים, שברי וחלקי כלי בזלת ונחושת שונים, חפצים וחרוזים מעצם ושן, ושברי גלוסקמאות ששימשו לקבורת אדם. על פי הממצאים ותיארוכם, שהמערה שימשה לקבורה בתקופה הכלקוליתית שהיא תקופת האבן והנחושת הקדומה של 3000-5500 לפני הספירה.
בחדר המרוחק ביותר בעומק 25 מ' מהפתח, נמצאו 8 מטילי זהב איכותי (מעל 18 קראט) מהעתיקים ביותר בעולם. המטילים הם בתצורת צמידים קטנים ורחבים, כנראה לצורך קשירה ונשיאה, וזוהי תצורה ייחודית שלא נמצאה בשום מקום אחר בעולם. 2 מטילים עשויים מזהב טהור, ושאר 6 המטילים מאלקטרום (70% זהב ו-30% כסף), כאשר מקור הזהב הוא מדרום מזרח מצרים. כיום המטילים שנמצאו מוצגים במוזיאון ישראל.
