ברוב עונות השנה, מי מעיינות נחל קנה זורמים במרכז השמורה, לאחר נביעתם לאורך אפיק הנחל, בפלג צר יחסית מוקף קנים, שיחי פטל קדוש וצמחי מים לרוב.
פלג המים חוצה את דרך הנחל במספר מקומות, אשר המרכזי שבהם הוא האפיק הבולע, אשר בו הפלג חוצה את דרך הנחל ולאחריו מימיו נבלעים בחלוקי הנחל וזורמים מתחת לפני הקרקע ומזינים פרדסי עצי הדר ובוסתנים הנטועים במקום.
מעל לאפיק הנחל הסמוך נמצא מבנה אבן ערבי, ובראשו משובץ בקיר תבליט אבן עם ציפורים וכיתוב בערבית של "בית זה נבנה ב-1960, השבח לאל".
באפיק הנחל מזרחית לאתר ולבית נמצאת בריכה טבעית עונתית עמוקה ועתירת צמחיה הגובלת בבריכת בטון מלאכותית גדולה, ומעליה מערה שמתוכה צומח עץ חרוב. מימי בריכות אלו אינם ראויים לשחייה, משמשות להשקיית בשאיבה של הפרדסים והבוסתנים הסמוכים, ומתייבשות בקיץ לאחר שאיבת מימיהן.
מאחורי הפרדס הסמוך לבית, בצמוד לגדה הדרומית של אפיק הנחל, נמצאת בריכת הגמל הגדולה והעמוקה. הבריכה ההיסטורית אוגרת את מי הגשמים ומימיה שימשו בעבר להשקיית גמלי עוברי הדרכים בנחל, וכיום להשקיית הפרדסים והמטעים הרבים שלאורך ערוץ הנחל.
באביב לאחר גשמי החורף, הבריכה העמוקה מלאה מים בחלקה עד לגובה הכתפיים, ראויה לשחייה לכל אורכה ורוחבה, ויש אף אי-אלו שנוהגים לקפוץ מהסלע הגדול שבצידה הדרומי למים העמוקים שמתחתיו. בקיץ הבריכה יבשה לחלוטין לאחר שנשאבו כל מימיה.
האפיק הבולע והבריכות נמצאים בחלקו המרכזי של מסלול הטיול המרכזי של נחל קנה, המשתרע לאורך כ-5 קילומטרים ומשלב בוסתנים טבעיים, תצפיות ומעיינות צלולים. מערבה מבריכת הצבים אפיק נחל קנה חרב בקיץ, מאחר שמשם והלאה נעלמות שכבות החוואר על פני הקרקע האטומות למים ומי הנחל נבלעים באדמת הנחל וזורמים מתחת לפני השטח.
